Университеттің ғылыми-зерттеу жұмысы жоғарыда көрсетілгендей, бірқатар нормативтік-құқықтық актілерге сәйкес жүргізіледі. Атап айтқанда, бұл:
- Қазақстан Республикасының «Ғылым туралы» Заңы (2011 жылғы 18 қараша, №407-IV) — ғылыми қызметті ұйымдастыруды, ғылым мен инновациялар саласындағы стандарттар мен принциптерді белгілеуді, сондай-ақ мемлекетаралық және халықаралық ғылыми байланыстарды реттейді.
- Қазақстан Республикасының «Білім туралы» Заңы (2007 жылғы 27 шілде, №319-III) — еліміздегі білім беру қызметі мәселелерін қамтиды, оның ішінде ғылыми зерттеулердің білім беру мекемелеріндегі, соның ішінде жоғары оқу орындарындағы рөлін және мамандарды даярлауға қойылатын талаптарды белгілейді.
- Марат Оспанов атындағы Батыс Қазақстан медицина университетінің 2024-2028 жылдарға арналған даму бағдарламасы — университеттің ғылыми және білім беру қызметін алдағы жылдары дамыту мақсаттары мен стратегиялық бағыттарын айқындайтын құжат.
Бұл құжаттар университетте ғылыми зерттеулер мен білім беруді дамыту негізін қалыптастырып, оларды заңнамалық талаптарға сай қолдайды.
Қазақстан Республикасының «Ғылым туралы» Заңының 23-бабына сәйкес, университеттің ғылыми қызметі 2024 жылғы 16 қыркүйекте Қазақстан Республикасының Ғылым және білім министрлігімен ғылыми және ғылыми-техникалық қызмет субъектісі ретінде аккредиттелген (МК№000626 куәлігі).
Барлық зерттеулер 3 ғылыми бағыт бойынша жүргізіледі:
- Клиникалық медицина саласындағы зерттеулер;
- Теориялық және эксперименттік медицина саласындағы зерттеулер;
- Психология-педагогика және қоғамдық ғылымдардың кешенді мәселелері бойынша зерттеулер.
Университет Қазақстанның, жақын және алыс шетелдердің ғылыми-зерттеу институттары мен орталықтарымен, білім беру және медициналық мекемелерімен белсенді ынтымақтастық орнатады.